行政职能科室

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• 突发公共卫生事件应急处置办公室

• 质量管理科

• 科研培训科（学会办）

• 物资采购科

• 设备管理科

传染病预防控制所

• 急性传染病防制科

• 消毒病媒防制科

• 病原生物实验室

免疫规划所

• 免疫规划科

• 免疫规划实验室

• 疫苗储运科

性病艾滋病预防控制所

• 艾滋病防制科

• 艾滋病实验室

结核病预防控制所

• 结核病防制科

• 结核病参比实验室

鼠疫布病预防控制所

• 鼠疫防制科

• 布病防制科

寄生虫病预防控制所

• 寄生虫病防制科

地方病预防控制所

• 地方病防制科

• 麻风病防制科

慢性非传染性疾病预防控制所

• 社区卫生与慢性非传染性疾病防制科

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环境与学校卫生所

• 环境卫生科

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营养与食品安全所

• 营养与食品安全科

职业卫生与放射卫生所

• 职业卫生科

• 放射卫生科

• 放射医学科

卫生检验检测中心

• 理化实验室

• 微生物实验室

• 毒理实验室

健康教育所

• 12320卫生热线管理中心

• 宣传与健康促进科

信息中心

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诊疗体检中心

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车辆管理科

后勤管理所

• 后勤管理科

• 安全保卫科